が RFC 違反をしている件 はマニュアルででかでかと RFC 3548 をうたっているのですが、全然準拠できてないことに気づきました。
RFC 3548 には

   Implementations MUST reject the encoding if it contains characters
   outside the base alphabet when interpreting base encoded data, unless
   the specification referring to this document explicitly states
   otherwise.  Such specifications may, as MIME does, instead state that
   characters outside the base encoding alphabet should simply be
   ignored when interpreting data ("be liberal in what you accept").
   Note that this means that any CRLF constitute "non alphabet
   characters" and are ignored.

とあり、要するに「base alphabet でない文字が混ざってるエンコード文字列を解釈しようとしたら拒絶しろ (ただし仕様として明記すれば他の挙動でも可)」という感じ *1 。しかるに

$ ./python3.0
Python 3.0rc1 (r30rc1:66499, Sep 22 2008, 21:33:51)
[GCC 4.3.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import base64
>>> base64.standard_b64decode(b'Y!"#$%&()-^~\\|[]@;:<>,.?_\nQ==')

思いっきり許容 (無視) してる。マニュアルにそれっぽい断りは書かれてないのに。
RFC 3548 中の MUST はたった 3 つなのに守れてない に失望した!それをチェックせずに添付してる Python に失望した!